En las últimas décadas, el escenario minero en la cuenca del Salar de Atacama posiciona a Chile como el primer productor del mineral, el que fue catalogado como el nuevo "oro blanco, y en la actualidad son dos empresas mineras que lo extraen: Rockwood Lithium (ex Sociedad Chilena del Litio), que fue adquirida por Albemarle, y Sociedad Química y Minera de Chile  (SQM). El interés sobre el mineral ha conllevado a la ampliación de las salmueras para la extracción del mineral y ha generado preocupación por las población local que ha visto descender las aguas de la cuenca del salar, la disminución de aves y fauna protegidas y el desecamiento de vegas y bofedales que constituían zonas para el pastoreo de animales [1].

La Sociedad Chilena del Litio Ltda. fue creada en 1980 por la entidad estatal Corfo (Corporación de Fomento de la Producción, Gobierno de Chile) y la empresa minera norteamericana Foote Minerals Co. (en una relación de 45% para la primera entidad, y el 55% para la segunda), con el objetivo de explotar litio desde el Salar de Atacama, a través del proyecto homónimo. En 1989 la entidad estatal Corfo vende su participación a Foote Minerals Co., privatizando por completo el proyecto. En 1998 la empresa norteamericana traspasa su participación a la compañía alemana Chemetall hasta 2004, cuando finalmente el proyecto es adquirido por la multinacional Rockwood Lithium, empresa que forma parte de la compañía norteamericana Albemarle Corporation [1].

La empresa realiza la explotación de litio por medio de la evaporación solar de pozas  o salmueras, que en un principio se realizaba en un sector de 326 ha. Sin embargo, en mayo de 2009, Rockwood Lithium presentó un EIA para ampliar sus operaciones con 510 ha. más para la evaporación solar, así como la explotación de pozos de extracción de salmuera dentro del terreno de la empresa. El consumo de agua potable declarado es de 1.200 l/s para los trabajadores, y para las operaciones de 2 l/s. La vida útil de proyecto se estima a 30 años y se considera una inversión de $US 17 millones [2].

La noticia de la ampliación del proyecto generó una gran preocupación y molestia entre los habitantes atacameños del Salar, quienes se manifestaron abiertamente en contra de la ampliación del proyecto. Las comunidades de Peine y Toconao, a través del proceso de participación ciudadana y a través de manifestaciones públicas, señalaron que el EIA no era claro en explicitar los impactos hídricos y a la biodiversidad, ni las consecuencias negativas ante la llegada de población flotante. En septiembre de 2011, la Comisión de Evaluación de Antofagasta calificó desfavorablemente el proyecto, al considerar que las medidas de mitigación, compensación o reparación declaradas por la empresa no eran adecuadas. Al ser rechazado el proyecto, la empresa comenzó a desarrollar un trabajo de acercamiento con las comunidades Atacameñas, en especial con Peine, con quien luego de algunos meses de conversaciones, establecieron el acuerdo denominado “Convenio de Cooperación, Sustentabilidad y Beneficio Mutuo” suscrito en noviembre de 2012, y que continua en vigencia hasta el día de hoy. Este consiste en que la empresa entrega apoyo financiero a la comunidad de Peine para la ejecución de un plan de Desarrollo, y también establece un Plan de Vigilancia Ambiental y Sustentabilidad Territorial por parte de la comunidad hacia la empresa [3]. 

El mismo año 2012, el gobierno anuncia el inicio de "contratos Especiales de Operación del Litio" en el marco de la "Agenda de Impulso Competitivo", apelando a que la actual política de Chile prohíbe la concesión del litio e impide su explotación masiva, hecho que ha conducido a la pérdida de liderazgo y participación del país en el mercado mundial. La propuesta considera que las empresas compren el derecho de concesión al Estado con permiso de explotar en cualquier área del territorio nacional, recibiendo un 93% de las ventas brutas y pagando al Estado por concepto de impuesto minero un 7%. Estas concesiones se entregan a través de concurso público a la minera SQM, sin embargo, en el camino se hicieron públicas irregularidades en el proceso y las vinculaciones entre representantes del gobierno y de SQM, que evidenciaron conflictos de interés en los procesos de licitación, así como más tarde, la creación de boletas falsas para la financiación ilegal de campañas electorales por parte de la empresa [5]. Entre otras de las críticas a estos procesos, es la no realización de una consulta ciudadana como exigencia de los sistemas de evaluación ambiental para proyectos con impactos y además en "Área de Desarrollo Indígena" declarada por el Estado y enmarcada en instrumentos como la Ley Indígena de Chile y el Convenio 169 de la OIT [1].

Más adelante, el Consejo de Pueblos Atacameños (la organización indígena que reúne a las 18 comunidades indígenas de la zona) presentó a la Corte Suprema un Recurso de Protección en contra del Ministerio de Minería en torno a las irregularidades y arbitrariedades del proceso de licitación [1].

De forma paralela, la empresa Rockwood quiso llevar el mismo proceso de “acuerdo” con el Consejo de Pueblos Atacameños, pero éste fracasó durante 4 años de intento, hasta que en abril de 2016 se estableció el acuerdo. Coincidentemente con este acuerdo, la autoridad ambiental chilena aprobó el previamente rechazado proyecto, permitiendo que la empresa comenzara a realizar el proceso de expansión de sus operaciones a inicios de 2017. A pesar de este acuerdo, hay detractores y quienes se siguen oponiendo y rechazan este acuerdo dentro de los representantes de pueblos atacameños y habitantes de San Pedro [3].

Actualmente, hay dos organizaciones ambientales locales de la comuna de San Pedro, “Agrupación Defensa del Salar de Atacama” y “Ayllus por el Agua”, que reclaman los impactos ambientales, sobre todo, referentes a la afectación hídrica que generan en la zona las operaciones de Rockwood. Por su parte, el 2016 la Dirección General de Aguas de Chile declaró agotado el afluente del río San Pedro (afluente de la cuenca que entrega agua a las comunidades de San Pedro de Atacama),  y en el mismo año, la Superintendencia de Medio Ambiente sanciona a la minera SQM por seis infracciones, entre ellas, estar extrayendo más agua de salmueras de lo permitido [4].

El 2018 se declara toda la zona prohibida para la entrega de nuevas explotaciones de agua subterránea, y el mismo año, el Consejo de Pueblos Atacameños interpela al gobierno por la promesa de realizar un estudio hidrológico  de la cuenca del salar, estudio que no se ha realizado hasta la fecha. Esto llevó a la misma organización indígena a establecer zonas de medición a lo largo del salar. La información con la que se cuenta hasta el momento, es que existe un descenso de los niveles del núcleo y de la zona radial del salar, que ha determinado que exista una baja en los caudales, así como también, la apreciación de la disminución de flamencos y vegas donde se llevaban a los animales a pastorear [6]. Esta afectación a los flamencos y otros aniames, esta relacionado a los impactos que genera la explotación de las minas sobre los microorganismos como lo señalo la  microbióloga Cristina Dorador: "Los microorganismos son la base de todo... La explotación de la salmuera que ha tenido lugar en los últimos 10 o 20 años ha reducido la cantidad de microorganismos y ha afectado al ecosistema. Los microbios que viven en el agua proveen alimento para el plancton y los crustáceos. Estos son consumidos por animales más grandes, como por jemplo, los flamencos, la especie más emblemática de la zona".  

En 2017 estimaba que las 2 empresas (SQM y Albemarle), extraían cada año más de 63 mil millones de litros de agua salada de las capas más profundas del desierto, es decir, casi 2 mil litros por segundo. Además de consumir una cantidad considerable de agua dulce.  Eso ha generado una disminución de las reservas hidricas que han sido denunciado por las comunidades locales: ""Antes de que llegaran las mineras acá había mucha agua. La minería ha consumido las napas subterráneas, sacan agua de un río de otro sector también y no llega acá el agua que corresponde". Eso genera impactos no solo ambiental sino una grave afectación cultural para el pueblo likan-antai, como lo explico un miembro de la comunidad de Coyo: "Para los atacameños, el agua no solo tiene un valor material sino también cultural y espiritual. "Para nosotros como likan-antai (etnia atacameña) es muy importante el agua. No solamente el agua en relación a lo que es mantener nuestras costumbres mediante la agricultura, sino que también porque el agua es vida" miembro de la comunidad de Coyo".

Finalmente, al 2020, el abogado del Consejo de Pueblos Atacameños, en contexto de una visita de automotrices alemanas (que confecciona autos eléctricos con baterías de litio), manifestó públicamente que se prevé que para el desarrollo de esta industria, sumado a la minería, se cuadriplicará la demanda y producción de baterías en un mediano plazo, situación que preocupa a las comunidades ya que como expresaron: "el salar está enfermo, pero no sabemos cuán enfermo está" [4].